Παρότι πολύ πιστεύουν ότι το κάπνισμα του ναργιλέ είναι σχετικά ακίνδυνο ( σε σχέση πχ με τα παραδοσιακά τσιγάρα) η αλήθεια είναι ότι κάνει κακό στην υγεία του καπνιστή.
Πέρα απο την άμεση αύξηση του καρδιακού ρυθμού, την αρτηριακή πίεση και τα επίπεδα μονοξειδίου του άνθρακα, υπάρχει και ο κίνδυνος πολλών από τους μακροπρόθεσμους κινδύνους για την υγεία που σχετίζονται με το κάπνισμα:
Καρδιακή ασθένεια
Εγκεφαλικό
Καρκίνος του πνεύμονα, του λαιμού, του στομάχου
Μειωμένη λειτουργία των πνευμόνων
Έμφυσμα
Χρόνια βρογχίτιδα
Χρόνια αποφρακτική πνευμονοπάθεια
Ειδικότερα, οι καπνιστές ναργιλέ εκτίθενται σε υψηλά επίπεδα χημικών ουσιών όπως το βενζόλιο, το οποίο αυξάνει τον κίνδυνο λευχαιμίας.
Ο παθητικός καπνός είναι επίσης ένα μεγάλο ζήτημα. Το κάρβουνο που καίγεται είναι επίσης επιβλαβής για τους ανθρώπους που βρίσκονται σε κοντινή απόσταση και ας μην καπνίζουν. Μια συνεδρία μίας ώρας παράγει καπνό με τόσο μονοξείδιο του άνθρακα όσο 20 τσιγάρα.
